Порода немецкий боксёр берёт своё начало от тибетских догообразных собак брабантских булленбейцеров. По описаниям, сохранившимся с 6-7 века нашей эры, это были мужественные и сильные собаки, использовавшиеся в те времена в боях с быками. За счёт особого строения костей черепа, эти псы обладали мощными челюстями и способны были удержать затравленного зверя достаточно долго.
Введение в Европе запрета на бои между животными булленбейцеры превратились в собак мясников, цирковых трупп и даже разбойников, которые использовали породу в качестве охранников. Рабочие качества этих собак привлекли внимание многих любителей, и кинологи Хепнер, Ротберг и Кениг занялись созданием новой служебной породы.
В короткий срок селекционная работа позволила получить сильную, смелую, гармонично сложённую собаку со специфическим строением черепа, устойчивой психикой и железной хваткой челюстей.
Первое описание породы немецкий боксёр было представлено 1895 году. В это же время в Мюнхене был создан клуб боксёров. На выставке в 1896 году было представлено уже 50 собак этой породы. Первые немецкие боксёры соединяли в себе черты булленбейсеров и английских бульдогов. Со временем кровь булленбейсеров начала преобладать и признаки этой породы проявлялись на 70 % в новых особях.
В годы первой мировой войны собака немецкий боксёр выполняла обязанности помощника полицейских, сторожей, доставляла раненых и донесения во время военных действий, и даже выносила раненых с поля боя. Более популярной порода стала в конце Второй мировой войны.
Современный стандарт немецкого боксёра был утверждён FCI в 2002 году.